Creada en 2002, COMSA Rail Transport es la empresa de COMSA EMTE dedicada a la logística y al transporte ferroviario.

COMSA Rail Transport fue la primera empresa española privada en obtener la licencia de Empresa Ferroviaria, requisito que junto con el Certificado de Seguridad obtenido en el 2007, le ha permitido convertirse en una de las empresas de referencia en el proceso de liberalización del sector ferroviario.

COMSA Rail Transport ofrece transporte de mercancías por ferrocarril y servicios de consultoría en ingeniería del transporte, además de ser proveedor de tracción (construcción y mantenimiento). Dentro de la cadena logística, COMSA EMTE también presta servicios de maniobras y manipulación en terminales ferroviarias.

En esta actividad mantiene acuerdos comerciales con Ferrocarrils de la Gerneralitat de Catalunya (FGC) o el Port de Tarragona para el desarrollo de servicios de transporte intermodal.